例えば、社内のPCをある一定の状態に保ちたい場合、マスターDBに展開直後のPCの状態を保存しておき、そこから変更が無いかを監視するといった使い方ができます。(クイックサーチの詳細画面で各項目をDB毎に見比べることが可能です)

クリップボードDBはマスターDBとは別に、ある時点の情報を取得しておきたいときに使用します。
設定する際にはマスターDBは、現在のDB、世代DB、クリップボードDBから選んで設定することができますが、クリップボードDBは現在のDBだけを設定できます。