問題ありません。
IISとの共存で問題となるのはポート番号の衝突です。
IISはデフォルトで80番を使用し、Asset Coordinatorはデフォルトで8080番を使用します。
Asset Coordinator はインストール時にポート番号設定の画面が表示されます。ここに80番以外のポートを指定すると衝突を回避できます。

Asset Coordinator のポート番号を8080番から変更した場合は、Asset Coordinatorのアドレスで指定しているポート番号も変更する必要があります。

http://ServerName:XXXX/AssetCoordinator/Servlet
上記XXXX部分がポート番号です。
デフォルト時はここが8080番ですが、インストール時Asset Coordinator のポート番号を変更した場合は、その番号をXXXX部分に入れてください。

また、IISを利用していないパソコンにインストールする場合は、ポート番号設定を80番に指定することで、以下のようにアドレスにポート番号を指定せずに接続することが可能です。

http://ServerName/AssetCoordinator/Servlet
(80番のポートはブラウザのデフォルトポートなので、入力の必要がありません。)

*Asset Coordinator セットアップ時のポート設定画面